发酵液是极其复杂的多项体系，含有微生物细胞、代谢产物、未耗用的培养基等，有时杂质氨基酸具有与目标氨基酸非常相似的化学结构和理化性质，这些都决定了氨基酸发酵液的下游加工过程需由一系列的化学工程的单元操作组成。